La Historia de Loja como centro urbano de cierta relevancia no tiene lugar hasta el dominio islámico de la península. Medina Lawsa será un núcleo estratégico desde el punto de vista militar al dominar la entrada a la vega granadina y el acceso a la capital del reino nazarita. La conquista cristiana en 1486 supone incorporación a la organización politico-administrativa del modelo castellano. Tiene lugar el repartimiento de casa y tierras (1486), y se realiza el primer padrón de vecinos (1491). 

La agricultura es la base de la actividad económica y el gobierno de la vida del Concejo estará pronto dominado por una oligarquía ciudadana que se irá afianzando en el poder. Regido en principio por el Fuero de Córdoba, pasará a contar desde 1495 con un Fuero Nuevo y sus propias Ordenanzas. El Archivo tiene su origen en 1491 con la construcción del Arca del Concejo o de las tres llaves, para custodia de la documentación.

 Situado en el antigüo palacio del general Narváez, construido en la segunda mitad del XIX, ocupa un sótano de más de 250 metros cuadrados y posee una capacidad de más de 1 Km de estanterías (madera, metálicas, compactos). Su fondo documental, todo en papel salvo un fragmento de un códice litúrgico (Breviarium Plenarium) del XIII/XIV?, se extiende cronológicamente desde 1486 hasta la actualidad. Destaca la existencia entre sus fondos de dos ediciones incunables.