Flora Amenazada
En este apartado incluimos todas aquellas especies vegetales que actualmente se encuentran en algunas de las categorías de protección establecidas por la legislación ambiental vigente o bien incluidas en el libro rojo de las especies amenazadas de flora de la comunidad autónoma de Andalucía.
- Narcissus bugei . Es una especie de narciso catalogada como "en peligro de extinción" por el libro rojo de la flora amenazada de Andalucía. Solamente conocemos dos poblaciones de esta planta en el municipio.
- Prunus mahaleb . El cerezo de Santa Lucía es un arbolillo que en Loja sólo se encuentra en paredones calizos de la Sierra de Loja, quedando muy pocos pies de planta. Considerado como vulnerable por el libro rojo de la flora amenazada de Andalucía.
- Amelanchier ovalis . También de la familia de las rosáceas. Catalogado como "vulnerable" por el libro rojo.
- Salix eleagnos subsp angustifolia . También "vulnerable". Es un arbolillo de ribera al que sólo se le conoce una localidad en Loja.
- Acer monspesulanum . Arbol de la familia de la aceráceas. Catalogado como "vulnerable" por el libro rojo.
- Celtis australis . Arbol también de zonas húmedas considerado como "vulnerable". En Loja crece en unas pocas localidades.